1985-86赛季结束后不久，摩西·马龙被交易到华盛顿子弹队，和马龙一起被交易的还有特里·卡特莱奇以及两个首轮选秀权，子弹队送出的则是杰夫·罗兰德和克里夫·罗宾逊。

1986-87赛季，马龙因伤状态下滑，场均依然可以得到24.1分和11.3个篮板，并且赛季末入选联盟年度最佳阵容第二队。此外，马龙该赛季连续第10个赛季入选全明星赛。1987年4月12日，马龙在和活塞队的比赛中拿下个人职业生涯的第20000分，4月8日在和篮网的比赛中他单场得到50分，成为子弹队史上单场至少拿下50分的第三人，其余两人为厄尔·门罗（56分）和菲尔·切尼尔（52分）。子弹队杀入季后赛，但是首轮即被活塞队淘汰。三场比赛中，马龙场均有20.7分和12.7个篮板进账。

1987-88赛季，在子弹队的第二个赛季，马龙场均可以拿下20.3分和11.2个篮板，个人得分榜和篮板榜上他分别位列第19和第4位。马龙连续第11个赛季入选全明星赛，他也是该赛季四名在得分榜进入前20、篮板榜进入前10的球员之一。马龙在出场的79场比赛中有76场比赛得分上双，其中55次砍下两双。1988年子弹队再次杀入季后赛，不过首轮再一次被活塞队淘汰。系列赛五战，马龙场均拿下18.6分和11.2个篮板。

1988-89赛季，老鹰队签下自由球员马龙，而马龙该赛季依然打出了全明星级别的水准。马龙和多米尼克·威尔金斯组成老鹰队的前场，他场均可以得到20.2分和11.8个篮板，连续第12个赛季入选全明星阵容。该赛季，马龙在参加的81场比赛中有75场比赛得分上双，其中55次得到两双。1989年2月4日和太阳队的比赛中，马龙砍下赛季最高的37分。季后赛老鹰队则未能突破首轮，他们被雄鹿队淘汰，而马龙在首轮五场比赛中场均可以得到21分和12个篮板。

1989-90赛季，在老鹰队的第二个赛季，马龙的场均数据终于跌破20+10，该赛季他场均拿下18.9分和10个篮板，未能连续第11个赛季至少拿下20+10的数据。不过，马龙依然在本赛季有20次为队内得分王，41次成为队内篮板王。迈克·弗拉特罗执教老鹰队的最后一个赛季，他们只取得了41胜41负的战绩，这也是球队五年来首次无缘季后赛。

1990-91赛季，马龙在中锋位置上首发了前15场比赛，当老鹰队更换主教练后，新帅鲍比·维斯将马龙放入替补席，压缩他的出场时间。该赛季尽管马龙82场全勤，但他整个赛季出场时间只有1912分钟，这也是他15年来首次赛季总出场时间不足2000分钟。马龙场均只有10.6分和8.1个篮板进账，而他的场均出场时间则为23.3分钟，这三项数据均为其生涯新低。1990年11月3日和步行者队的比赛中，马龙命中个人职业生涯第7695个罚球，由此超越奥斯卡·罗伯特森成为联盟历史上命中罚球数最多的球员。而在11月21日与雄鹿队的比赛中，马龙拿下个人生涯第25000分；1991年3月15日和小牛队的比赛中，马龙抓下个人生涯第15000个篮板。1991年老鹰队杀入季后赛，但是首轮即遭活塞队淘汰，而马龙在季后赛中场均也只有4.2分和6.2个篮板进账。